Natura 2000-nätverket
Syftet med nätverket Natura 2000 är att trygga livsmiljöer för de naturtyper och arter som anges i habitatdirektivet. Det finns ungefär 200 sådana naturtyper och 700 sådana arter i Europa. I Finland omfattar nätverket Natura 2000 en areal på cirka fem miljoner hektar. Av den här arealen är ungefär tre fjärdedelar markområden och en fjärdedel vattenområden. I Natura 2000 nätverket ingår en stor del av de skyddsområden som tidigare ingick i olika program, som fågel-, strand-, myr- och lundskydd, skydd av gamla skogar samt nationellt värdefulla landskapsområden. Information om Natura 2000 och de områden som ingår i nätverket finns på miljöförvaltningens gemensamma hemsidor.
I Korsholm ingår Kvarkens skärgård, Ängesholmen, områden på Iskmo Ön, Vassorfjärden, områden på Sidländet, Vedahugget, Igelträsket, Södra Stadsfjärden, Söderfjärden och Furubacken i nätverket Natura 2000. Delar av Karperöfjärden ingår i det nationella fågelskyddsprogrammet. Björköby och Kyro älvdal hör till nationellt värdefulla landskapsområden. Kvarkens skärgård hör även till Finlands 27 nationallandskap som ger en bild av de mest representativa natur- och kulturdragen. Kvarkens skärgård finns också upptagen på UNESCO:s världsarvslista som ett världsnaturarv.
I Närpes ingår Kackurmossen, Risnäsmossen, Sanemossen, Hinjärv, Orrmossliden och Bredmossmyran samt delar av Närpes skärgård i Natura 2000 nätverket. Delar av Kaskö skärgård ingår i Natura 2000 nätverket.
I Kristinestad ingår viktiga rekreationsområden som Bötombergen (Söder- &Norrberget, Storgäspotten och Santaheiminrämäkkä), med sina mångsidiga bergsområden, Tegelbruksbacken & Norrfjärdens skogar , med sina mångsidiga skog- och kulturlandskap, samt Kristinestads skärgård i Natura 2000 nätverket. Bötombergen och Tegelbruksbacken erbjuder förutom skydd för utrotningshotade arter (som t.ex. den Sibiriska sipprankan, på Bötombergen), även mångsidiga vandringsleder för motionärer och utelivsintresserade. Viktiga fågelskyddsområden är bl.a. Kristinestads skärgård, Lålby åkrar, Lappfjärds våtmarker och Lappfjärds ådal. Lappfjärds våtmarker består av Härkmerifjärden, Syndersjön och Blomträsket. Dessa våtmarker bildar tillsammans ett viktigt livsområde för sjöfåglar. Lappfjärds ådal omfattar största delen av Lappfjärds å- Storås vattensystem, Änikoskmossen-Stormossens myrområde samt skogarna mellan dessa områden. På området kan man finna nationellt värdefulla arter som t.ex. vattendragens havsöringsstam och flodpärlmusslan.